हिन्दुओं में प्राचीनकालीन परम्परा है कि जब किसी मनुष्य का अन्तकाल समीप आ जाता है तो उसे धार्मिक ग्रन्थ आदि पढ़कर सुनाये जाते हैं. इसका मुख्य कारण यही है कि जिससे उसका मन सांसारिक झंझटो से मुक्त होकर आध्यात्मिक विषयों में लग जाये और वह प्राणी कर्मवश अगले जन्म में जिस योनि को धारण करे, उससे उसे सद्गति प्राप्त हो. शिरडी साई बाबा तो स्वयं अवतार थे, इसलिये उन्हें बाह्य साधनों की आवश्यकता नही थी, परन्तु केवल दूसरों के समक्ष उदाहरण प्रस्तुत करने के हेतु ही उन्होंने इस प्रथा की उपेक्षा नही की. जब उन्हें ज्ञात हो गया कि मैं अब शीघ्र इस नश्वर देह का त्याग करुँगा. तब उन्होनें श्री वझे को "रामविजय" प्रकरण सुनाने की आज्ञा दी. श्री वझे ने एक सप्ताह तक प्रतिदिन पाठ सुनाया. उसके बाद बाबा ने उन्हें आठों प्रहर पाठ करने की आज्ञा दी. श्री वझे ने उस अध्याय की द्वितीय आवृति तीन दिन में पूर्ण कर दी और इस प्रकार 11 दिन बीत गये. फ़िर तीन दिन और उन्होनें पाठ किया. अब श्री वझे बिल्कुल थक गये.
इसलिए वह विश्राम करने बैठ गये. बाबा अब बिल्कुल शान्त बैठ गये और आत्मस्थित होकर वे अंतिम क्षण की प्रतिक्षा करने लगे. दो-तीन दिन पूर्व ही भिक्षा के लिए जाना बन्द कर दिया था और वे मस्जिद में ही बैठे रहे. वे अपने अंतिम क्षण के लिए पूर्ण सचेत थे. इसलिए वह अपने भक्तों को धैर्य बँधाते परन्तु अपने निर्वाण का समय किसी को आभास न होने देते. इन दिनों बाबा के शिष्य रोज उनके यहाँ रुकते और भोजन करते. महानिर्वाण के दिन (14 अक्टूबर) को भोजन के पश्चात कुछ शिष्य मस्जिद में और कुछ शिष्य मस्जिद की सीढ़ियों पर बैठे थे. बाबा ने एक शिष्य को एक रुपये देते हुए कहा कि - "अब मुझे मस्जिद में अच्छा नही लगता है. इसलिए मुझे बूटी के पत्थर वाढ़े में ले चलो. जहाँ मैं सुखपूर्वक रहूँगा." शिष्य ने देखा बाबा की साँस रुक गई है. शिष्य ने देखा बाबा उनकी ओर झुक गये हैं और उन्होनें अंतिम साँस छोड़ दी. उस शिष्य ने अन्य शिष्यों को जोरदार आवाज में बुलाया. सभी शिष्य भागते हुए वहाँ आये. एक शिष्य दौड़कर पानी लाया और बाबा के श्रीमुख में ड़ाला जो अन्दर नही गया बाहर ही लुढ़क गया. अब स्पष्ट हो चुका था कि बाबा ने सचमुच ही पंचभूत शरीर त्याग दिया है.
यह खबर तुरन्त ही चारों ओर फ़ैल गई. शिरडी के सभी लोग मस्जिद की ओर दौड़े. चारों ओर हाहाकार मच गया. लोग इतने दुखी हुए की सड़कों पर ही चिल्लाकर कर रोने लगे. बहुत से लोग तो बाबा की समाधिस्थ होने से इतने दुखी हुए की बेहोश होकर गिर पड़े. ऐसा लगने लगा मानों पूरी शिरड़ी दुख के गहरे सागर में डूब गई हो.
कुछ समय पश्चात् बाबा के कुछ भक्तों को बाबा के वचन याद आने लगे. उन्होने अपने भक्तों से कहा था कि "भविष्य में वे आठ वर्ष के बालक के रुप में दुबारा प्रकट होंगे" सांई बाबा का यह अवतार अपने भक्तों के उत्थान के लिए हुआ था. संतो की कार्यप्रणाली अगम्य होती है. साई बाबा का अपने भक्तों के साथ यह संपर्क केवल एक पीढ़ी का नही, बल्कि पिछले कई जन्मों का सम्पर्क है. भक्तों को प्रतीत होने लगा कि बाबा साई अभी कही घूमने गये हैं और भक्तों को दृढ़ विश्वास था कि वह जल्द ही वापिस आ जाएंगे.
बाबा के समाधिस्थ हो जाने के बाद लोगों के सामने यह समस्या उत्पन्न हुई कि - बाबा की अन्तिम क्रिया किस प्रकार की जाये. यवन लोगो का कहना था कि उनके शरीर को कब्रिस्तान में दफ़न कर उसके ऊपर एक मकबरा बना देना चाहिए. ग्राम अधिकारी बाबा के कहे अनुसार उनके शरीर को वाड़े के अतिरिक्त कही नही रखना चाहते थे. यह वाद विवाद दो दिन तक चलता रहा. प्रत्यक्षदर्शियों के अनुसार बाबा का शरीर 36 धंटे के उपरांत भी जड़ नही हुआ और उनके शरीर का प्रत्येक अवयव लचीला बना रहा.
अन्त में फ़ैसला हुआ कि दोनो पक्षों के बीच मतदान होना चाहिए. अधिकांश लोगो का मत वाड़े के पक्ष में ही था. बाबा की प्रेरणा से विपक्षियों ने भी यह प्रस्ताव सहर्ष स्वीकार कर लिया. बुधवार की शाम को बाबा का पवित्र शरीर बड़ी धूमधाम और समारोह के साथ वाड़े में लाया गया और विधिवत उस स्थान को समाधि बना दी गई. अब वाड़ा, समाधि मंदिर एवं भक्तों का एक पवित्र स्थान बन गया. जहाँ अनेकों भक्त आया जाया करते है और अभी भी नित्य-प्रति वहाँ आकर सुख और शान्ति प्राप्त करते हैं.
ॐ श्री साई यशः काय शिरडीवासिने नमः
ॐ शांति शांति शांति