बाबा की आज्ञानुसार शिरडी मे श्री एकनाथ महाराज के दो ग्रन्थों भागवत और भावार्थ रामायण का नित्य पाठ हो रहा था. एक समय जब रामायण का पाठ हो रहा था, सभी श्रद्धालु भक्त भगवान की भक्ति में लीन थे. अपनी माँ के आदेशानुसार किस प्रकार हनुमान ने श्रीराम की महानता की परिक्षा ली, यह प्रसंग चल रहा था. सब श्रोता-जन मंत्र मुग्ध होकर सुन रहे थे. तभी एक भक्त के ऊपर एक बिच्छू आ गिरा और उसके दाहिने कँधे पर बैठ गया. जिसका उसे कोई भान तक नही हुआ. ईश्वर को श्रोताओं की रक्षा स्वयं करनी पड़ती है. अचानक ही बाबा की दृष्टि उस भक्त के कन्धे पर पड़ गई उन्होने उस बिच्छू को देख लिया. वह मृत प्राय सा प्रतीत हो रहा था. मानो वह भी कथा के आनन्द में तल्लीन हो. हरि इच्छा जानकर उन्होने बिना श्रोताओं में विघ्न डाले उसे अपनी धोती के दोनो सिरे मिलाकर उसमे लपेट लिया और दूर लेजाकर बगीचे में छोड़ दिया.
एक अन्य अवसर पर संध्या समय काका साहेब नामक व्यक्ति वाड़े के ऊपरी खंड में बैठे हुये थे. तभी एक साँप खिड़की की चौखट के एक छिद्र में से भीतर घुस आया और कुंड़ली मारकर बैठ गया. रोशनी दिखाने पर पहले तो वह थोड़ा सा डरा फ़िर वही चुपचाप बैठा रहा और अपना फ़न हिलाने लगा. बहुत से लोग छड़ी और ड़ण्डा लेकर वहाँ दौड़े परन्तु वह एक ऐसे सुरक्षित स्थान पर बैठा था जहाँ उस पर किसी के प्रहार का कोई असर नही पहुँचता था. लोगो का शोर सुनकर वह शीघ्र ही उसी छिद्र में से अदृश्य हो गया. तब कही जाकर लोगों की जान में जान आई.
एक भक्त मुक्ताराम ने कहा चलो, अच्छा ही हुआ जो एक जीव बेचारा बच गया. तो दूसरे व्यक्ति श्रीहेमांडपंत ने उसकी अवहेलना कर कहा कि साँप को मारना ही उचित है. इस कारण इस विषय पर वाद-विवाद होने लगा. एक का मत था कि साँप तथा उसके सदृश्य जन्तुओं को मार ड़ालना ही उचित है. किन्तु दूसरे का इसके विपरीत मत था. रात्रि अधिक हो जाने के कारण किसी निष्कर्ष पर पहुँचे बिना ही उन्हें विवाद स्थगित करना पड़ा. सुबह होते ही यह प्रश्न बाबा के समक्ष लाया गया. तब बाबा निर्णायक वचन बोले कि "सब जीवों और समस्त प्राणियों में ईश्वर का निवास है, चाहे वह साँप हो या बिच्छू. वे ही इस विश्व के नियंत्रण कर्ता हैं और प्राणी साँप बिच्छू इत्यादि उनकी ही आज्ञा का पालन किया करते हैं. उनकी इच्छा के बिना कोई भी दूसरों को हानि नही पहुँचा सकता. समस्त विश्व उनके अधीन है तथा स्वतंत्र कोई भी नही है. इसलिये हमें सब प्राणियों से दया और स्नेह करना चाहिये. वैमनस्य या संहार करना छोड़कर शांत चित्त से जीवन व्यतीत करना चाहिये. ईश्वर सब का ही रक्षक है.